gs -sOutputFile=output.pdf -sDEVICE=pdfwrite -dNOPAUSE -dBATCH наш_проблемный_файл.pdf
Если ещё при этом нужно преобразовать PDF в чёрно-белый, то команду нужно видоизменить следующим образом:
gs -sOutputFile=output.pdf -sDEVICE=pdfwrite -sColorConversionStrategy=Gray -dProcessColorModel=/DeviceGray -dNOPAUSE -dBATCH наш_проблемный_файл.pdf
Ещё данный способ помогает если PDF не принимают некоторые глупые системы приёма статей в некоторых журналах.